真空冷凍干燥機的冷凍干燥是指通過升華從凍結的冷凍乾燥機生物產品中去除水分或其他溶劑的過程。升華指的是溶劑，比如水，像干冰一樣，不經過液態，從固態直接變為氣態的過程。真空冷凍干燥機冷凍干燥得到的產物稱作凍干物，真空冷凍干燥機該過程稱作凍干。傳統的干燥會引起材料皺縮，破壞細胞。在冰凍干燥過程中樣品的結構不會被破壞，因為固體成份被在其位置上的堅冰支持著。在冰升華時，它會留下孔隙在干燥的剩余物質裡。這樣就保留了產品的生物和化學結構及其活性的完整性。在實驗室中，凍干有很多不同的用途，它在許多生物化學與制藥應用中是不可缺少的。真空冷凍干燥機被用來獲得可長時期保存的生物材料，例如微生物培養、酶、血液、與藥品，除長期保存的穩定性以外，還保留了其固有的生物活性與結構。為此，凍干被用於准備用做結構研究(例如電鏡研究)的組織樣品。真空冷凍干燥機也應用於化學分析中，它能得到干燥態的樣品，或者濃縮樣品以增加分析敏感度。凍干使樣品成分穩定，也不需改變化學組成，是理想的分析輔助手段。冷凍干燥可以自然發生。在自然情況下，這一過程緩慢而且不可預測。通過真空冷凍干燥機系統，人們改進、細分了很多步驟，加速了這一過程。
真空冷凍干燥機的凍干操作注意：
(1)真空冷凍干燥機沒有正確安裝的情況下請勿使用。
(2)未經允許請勿使用真空冷凍干燥機。
(3)擱板沒放好請勿使用真空冷凍干燥機。
(4)沒有特殊安全措施時不能凍干具有腐蝕性物質。即使有保護的情況下也要保證不會腐蝕主機材料不會降低冷阱、門板和其他附件的機械強度。
(5)生產者不允許私自添加附件。如果容器質量較差請勿使用，因為凍干時容器爆裂是非常危險的。
(6)不要在具有爆炸危險性的區域使用真空冷凍干燥機。
(7)真空冷凍干燥機在使用過程中不要撞擊或移動，也不要倚靠或在上面休息。
(8)不要將具有潛在危險性的物體，如裝有液體的瓶子放在真空冷凍干燥機附近。
(9)凍干時會發生反應的樣品不能被干燥。
(10)不要凍干爆炸性或易燃性樣品。
(11)傳染性、有毒的、致病的和具有放射性的物質必須放在合適的容器中才能干燥。
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